پروتکل الحاقی به منظور تقویت کارآمدی و بهبود کارایی نظام پادمان‌های آژانس در ۱۵ مه ۱۹۹۷ به تصویب رسید.
کشورهایی که دارای موافقت نامه پادمانی جامع با آژانس هستند، میتواند این پروتکل را نیز منعقد نمایند. لازم الإجراء شدن پروتکل برای کشور عضو مربوطه بسته به تصویب آن در مجالس قانون‌گذاری است.
هرچند پیوستن به این پروتکل داوطلبانه می‌باشد، اما نحوه عملکرد آژانس و کشورهای غربی و آمریکا به‌گونه‌ای بوده است که آن را اجباری نشان می‌دهد.
آژانس از طریق پروتکل الحاقی دسترسی کامل‌تری به کل فعالیت‌های مرتبط به امور هسته‌ای کشورهای عضو داشته و قادر خواهد بود که از فعالیت‌های اظهار نشده به صورت مدیریتی نیز بازرسی نماید.
بازرسی‌های پروتکل الحاقی: براساس پروتکل الحاقی، بازرسی حق آژانس است و نیازی به تصویب شورای حکام (برخلاف بازرسی ویژه) ندارد. از طرف دیگر، آژانس در بازرسی‌های خود بر مبنای پروتکل الحاقی حق دارد به هر مکانی که برای انجام وظایف خود ضروری می‌داند، دسترسی پیدا کند. این نوع بازرسی بیشتر برای فعالیت‌های اظهار نشده طراحی شده و درواقع، می‌توان از آن به بازرسی‌های مدیریتی تعبیر کرد.
منبع: کتاب برنامه هسته‌ای ایران: واقعیت‌های هسته‌ای، کاظم غریب آبادی، مؤسسه چاپ و انتشارات وزارت امور خارجه، پائیز ۱۳۸۷ پروتکل الحاقی
